O prelado do Opus Dei é nomeado pelo Papa, após o procedimento de determinação da pessoa que está previsto nos estatutos da prelazia. Os estatutos contemplam a intervenção de fiéis da mesma, que se pronunciam sobre quem seria o sacerdote mais indicado. Depois, o Romano Pontífice pode chamar o prelado para receber o sacramento do episcopado, que, embora não seja necessário, mostra-se muito congruente com a sua missão hierárquica de pastor. Assim ocorreu com os dois primeiros prelados, Dom Álvaro del Portillo e Dom Javier Echevarría.